Chủ cảng, bến có nhu cầu gia hạn hoạt động cảng, bến thủy nội địa nộp hồ sơ đến cơ quan có thẩm quyền sau:
- Bộ Xây dựng: gia hạn đối với cảng thủy nội địa tiếp nhận phương tiện thủy nước ngoài;
- Cục Hàng hải và Đường thủy Việt Nam: gia hạn đối với cảng thủy nội địa trên đường thủy nội địa quốc gia, đường thủy nội địa chuyên dùng nối với đường thủy nội địa quốc gia, cảng thủy nội địa có vùng nước, vùng đất vừa trên đường thủy nội địa quốc gia vừa trên đường thủy nội địa địa phương, cảng thủy nội địa trong vùng nước cảng biển nối với đường thủy nội địa quốc gia trừ trường hợp thuộc thẩm quyền của Bộ Xây dựng và các trường hợp khác do Bộ Xây dựng quyết định;
- Sở Xây dựng, Sở Giao thông công chánh TP Hồ Chí Minh: gia hạn đối với cảng thủy nội địa trên đường thủy nội địa địa phương, đường thủy nội địa chuyên dùng nối với đường thủy nội địa địa phương, cảng thủy nội địa trong vùng nước cảng biển nối với đường thủy nội địa địa phương trên địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương trừ trường hợp thuộc thẩm quyền của Bộ Xây dựng và các trường hợp khác do Bộ Xây dựng quyết định.
- Ủy ban nhân dân cấp huyện gia hạn bến thủy nội địa, bến khách ngang sông, bến thủy nội địa phục vụ thi công công trình chính trên địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương.