Trước khi đưa công trình cảng thủy nội địa vào khai thác, chủ cảng thủy nội địa nộp hồ sơ đề nghị công bố hoạt động theo quy định như sau:
- Đối với cảng thủy nội địa tiếp nhận phương tiện thủy nước ngoài: Nộp hồ sơ đến Cục Hàng hải và Đường thủy Việt Nam (đối với cảng thủy nội địa trên đường thủy nội địa quốc gia, đường thủy nội địa chuyên dùng nối với đường thủy nội địa quốc gia, cảng thủy nội địa có vùng nước, vùng đất vừa trên đường thủy nội địa quốc gia vừa trên đường thủy nội địa địa phương, cảng thủy nội địa trong vùng nước cảng biển nối với đường thủy nội địa quốc gia), Sở Xây dựng, Sở Giao thông công chánh TP Hồ Chí Minh (đối với cảng thủy nội địa trên đường thủy nội địa địa phương, đường thủy nội địa chuyên dùng nối với đường thủy nội địa địa phương, cảng thủy nội địa trong vùng nước cảng biển nối với đường thủy nội địa địa phương trên địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương) để thẩm định.
- Đối với cảng thủy nội địa không tiếp nhận phương tiện thủy nước ngoài: Nộp hồ sơ đến Cục Hàng hải và Đường thuỷ Việt Nam (đối với cảng thủy nội địa trên đường thủy nội địa quốc gia, đường thủy nội địa chuyên dùng nối với đường thủy nội địa quốc gia, cảng thủy nội địa có vùng nước, vùng đất vừa trên đường thủy nội địa quốc gia vừa trên đường thủy nội địa địa phương, cảng thủy nội địa trong vùng nước cảng biển nối với đường thủy nội địa quốc gia, trừ trường hợp cảng thủy nội địa tiếp nhận phương tiện thủy nước ngoài và các trường hợp khác do Bộ Xây dựng quyết định) hoặc Sở Xây dựng, Sở Giao thông công chánh TP Hồ Chí Minh (đối với cảng thủy nội địa trên đường thủy nội địa địa phương, đường thủy nội địa chuyên dùng nối với đường thủy nội địa địa phương, cảng thủy nội địa trong vùng nước cảng biển nối với đường thủy nội địa địa phương và bến thủy nội địa trên địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, trừ trường hợp cảng thủy nội địa tiếp nhận phương tiện thủy nước ngoài và các trường hợp khác do Bộ Xây dựng quyết định).