Cá nhân, tổ chức có nhu cầu công bố đóng cảng, bến thủy nội địa nộp hồ sơ đến cơ quan có thẩm quyền như sau:
- Bộ Giao thông vận tải: cảng thủy nội địa tiếp nhận phương tiện thủy nước ngoài;
- Cục Đường thủy nội địa Việt Nam: cảng thủy nội địa trên đường thủy nội địa quốc gia, đường thủy nội địa chuyên dùng nối với đường thủy nội địa quốc gia, cảng thủy nội địa có vùng nước, vùng đất vừa trên đường thủy nội địa quốc gia vừa trên đường thủy nội địa địa phương, cảng thủy nội địa trong vùng nước cảng biển nối với đường thủy nội địa quốc gia,
- Sở Giao thông vận tải: cảng thủy nội địa trên đường thủy nội địa quốc gia, đường thủy nội địa chuyên dùng nối với đường thủy nội địa quốc gia, cảng thủy nội địa có vùng nước, vùng đất vừa trên đường thủy nội địa quốc gia vừa trên đường thủy nội địa địa phương, cảng thủy nội địa trong vùng nước cảng biển nối với đường thủy nội địa quốc gia, trừ trường thuộc thẩm quyền của Bộ Giao thông vận tải và các trường hợp khác do Bộ Giao thông vận tải quyết định;
- Sở Giao thông vận tải, Ủy ban nhân dân thành phố, thị xã, quận huyện được Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh phân cấp: bến khách ngang sông, bến thủy nội địa phục vụ thi công công trình chính trên địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương.