- Trong trường hợp người yêu cầu bồi thường nộp hồ sơ trực tiếp, cơ quan giải quyết bồi thường tiếp nhận hồ sơ, ghi vào sổ nhận hồ sơ và cấp giấy xác nhận đã nhận hồ sơ cho người yêu cầu bồi thường. Trường hợp hồ sơ được gửi qua dịch vụ bưu chính thì trong thời hạn 02 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ, cơ quan giải quyết bồi thường phải thông báo bằng văn bản về việc nhận hồ sơ cho người yêu cầu bồi thường. Trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ, Thủ trưởng cơ quan giải quyết bồi thường có thể yêu cầu người yêu cầu bồi thường bổ sung hồ sơ trong trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ theo quy định tại khoản 1 và khoản 2 Điều 41 của Luật TNBTCNN năm 2017. Trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được yêu cầu của Thủ trưởng cơ quan giải quyết bồi thường, người yêu cầu bồi thường phải bổ sung hồ sơ. Khoảng thời gian có sự kiện bất khả kháng hoặc trở ngại khách quan theo quy định của Bộ luật Dân sự không tính vào thời hạn quy định tại khoản này.

- Trong thời hạn 02 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ hợp lệ theo quy định tại Điều 41 của Luật Trách nhiệm bồi thường của Nhà nước năm 2017  cơ quan giải quyết bồi thường phải thụ lý hồ sơ và vào sổ thụ lý.

- Trong thời hạn 02 ngày làm việc kể từ ngày thụ lý hồ sơ, cơ quan giải quyết bồi thường phải cử người giải quyết bồi thường.

- Trường hợp, người yêu cầu bồi thường đề nghị tạm ứng kinh phí bồi thường theo quy định tại điểm e khoản 3 Điều 41 của Luật TNBTCNN năm 2017, cơ quan giải quyết bồi thường tiến hành tạm ứng kinh phí bồi thường đối với những thiệt hại quy định tại khoản 1 Điều 44 TNBTCNN năm 2017. Cụ thể, thời hạn thực hiện tạm ứng kinh phí bồi thường được thực hiện như sau: (1) Ngay sau khi thụ lý hồ sơ, người giải quyết bồi thường có trách nhiệm xác định giá trị các thiệt hại quy định tại khoản 1 Điều 44 TNBTCNN năm 2017 và đề xuất Thủ trưởng cơ quan giải quyết bồi thường việc tạm ứng kinh phí bồi thường và mức tạm ứng cho người yêu cầu bồi thường; (2) Trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được đề xuất, nếu còn dự toán quản lý hành chính được cấp có thẩm quyền giao, cơ quan giải quyết bồi thường phải hoàn thành việc tạm ứng kinh phí và chi trả cho người yêu cầu bồi thường. Trường hợp không còn đủ dự toán quản lý hành chính được cấp có thẩm quyền giao, trong thời hạn 02 ngày làm việc kể từ ngày nhận được đề xuất, Thủ trưởng cơ quan giải quyết bồi thường có văn bản đề nghị cơ quan tài chính có thẩm quyền tạm ứng kinh phí để chi trả cho người yêu cầu bồi thường. Cơ quan tài chính có trách nhiệm cấp kinh phí cho cơ quan giải quyết bồi thường trong thời hạn 07 ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị, cơ quan tài chính có thẩm quyền có trách nhiệm cấp kinh phí cho cơ quan giải quyết bồi thường. Thủ trưởng cơ quan giải quyết bồi thường quyết định mức tạm ứng cho người yêu cầu bồi thường nhưng không dưới 50% giá trị các thiệt hại quy định tại khoản 1 Điều 44 TNBTCNN năm 2017.

- Trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày thụ lý hồ sơ, người giải quyết bồi thường phải hoàn thành việc xác minh thiệt hại. Trường hợp vụ việc giải quyết yêu cầu bồi thường có nhiều tình tiết phức tạp hoặc phải xác minh tại nhiều địa điểm thì thời hạn xác minh thiệt hại là 30 ngày kể từ ngày thụ lý hồ sơ. Thời hạn xác minh thiệt hại có thể được kéo dài theo thỏa thuận giữa người yêu cầu bồi thường và người giải quyết bồi thường nhưng tối đa là 15 ngày kể từ ngày hết thời hạn quy định tại khoản này. Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày kết thúc việc xác minh thiệt hại, người giải quyết bồi thường phải hoàn thành báo cáo xác minh thiệt hại làm căn cứ để thương lượng việc bồi thường.

- Trong thời hạn 02 ngày làm việc kể từ ngày hoàn thành báo cáo xác minh thiệt hại, cơ quan giải quyết bồi thường phải tiến hành thương lượng việc bồi thường. Trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày tiến hành thương lượng, việc thương lượng phải được hoàn thành. Trường hợp vụ việc giải quyết yêu cầu bồi thường có nhiều tình tiết phức tạp thì thời hạn thương lượng tối đa là 15 ngày. Thời hạn thương lượng có thể được kéo dài theo thỏa thuận giữa người yêu cầu bồi thường và người giải quyết bồi thường nhưng tối đa là 10 ngày kể từ ngày hết thời hạn quy định tại khoản này.

- Ngay sau khi có biên bản kết quả thương lượng thành, Thủ trưởng cơ quan giải quyết bồi thường ra quyết định giải quyết bồi thường và trao cho người yêu cầu bồi thường tại buổi thương lượng. Trường hợp người yêu cầu bồi thường không nhận quyết định giải quyết bồi thường thì người giải quyết bồi thường lập biên bản về việc không nhận quyết định. Biên bản phải có chữ ký của đại diện các cơ quan tham gia thương lượng. Biên bản phải nêu rõ hậu quả pháp lý của việc không nhận quyết định giải quyết bồi thường theo quy định tại điểm đ khoản 1 Điều 51 của Luật TNBTCNN năm 2017. Cơ quan giải quyết bồi thường phải gửi cho người yêu cầu bồi thường trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày lập biên bản.