- Bước 1: Căn cứ Danh mục khu vực phải đăng ký khai thác nước dưới đất được phê duyệt, trưởng khóm, ấp (sau đây gọi chung là trưởng ấp) thực hiện rà soát, lập danh sách tổ chức, cá nhân có giếng khoan khai thác nước dưới đất thuộc diện phải đăng ký trên địa bàn; thông báo và phát hai (02) tờ khai quy định tại Mẫu số 38 kèm theo Thông tư số 27/2014/TT-BTNMT ngày 30/05/2014 của Bộ Tài nguyên và Môi trường cho tổ chức, cá nhân để kê khai;

- Bước 2: Trong thời hạn không quá mười (10) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được tờ khai, tổ chức, cá nhân có trách nhiệm hoàn thành hai (02) tờ khai và nộp cho cơ quan đăng ký (tại Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả của huyện) hoặc nộp cho trưởng ấp để nộp cho Ủy ban nhân dân cấp xã;

- Bước 3: Trong thời hạn không quá 10 ngày làm việc, tổ chức, cá nhân, cơ quan đăng ký có trách nhiệm kiểm tra thông tin, xác nhận vào tờ khai và gửi một (01) bản cho tổ chức, cá nhân. Cụ thể như sau: + Trong thời gian một (01) ngày làm việc, Ủy ban nhân dân cấp xã hoặc Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả của huyện có trách nhiệm chuyển tờ khai cho Phòng Tài nguyên và Môi trường; + Trong thời hạn không quá năm (05) ngày làm việc kể từ ngày nhận được tờ khai của tổ chức, cá nhân, Phòng Tài nguyên và Môi trường có trách nhiệm kiểm tra nội dung thông tin, nếu đủ căn cứ xác nhận thì trình Ủy ban nhân dân cấp huyện xác nhận; trường hợp hồ sơ không đủ điều kiện để xác nhận thì trả lại hồ sơ cho tổ chức, cá nhân và thông báo lý do không xác nhận; + Trong thời gian hai (02) ngày làm việc, Ủy ban nhân dân cấp huyện có trách nhiệm xem xét, xác nhận và chuyển Phòng Tài nguyên và Môi trường; + Trong thời gian hai (02) ngày làm việc, Phòng Tài nguyên và môi trường cấp huyện có trách nhiệm phối hợp với Ủy ban nhân dân cấp xã hoặc Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả của huyện để gửi một (01) bản tờ khai đã được xác nhận cho tổ chức, cá nhân. Trường hợp không đủ điều kiện để được xác nhận đăng ký, Ủy ban nhân dân cấp huyện trả lời bằng văn bản cho tổ chức, cá nhân và nêu rõ lý do.

Trường hợp tổ chức, cá nhân đã đăng ký khai thác nước dưới đất, nếu không tiếp tục khai thác, sử dụng thì phải thông báo và trả tờ khai cho cơ quan đăng ký hoặc trưởng ấp để báo cho cơ quan đăng ký; thực hiện việc trám, lấp giếng không sử dụng theo quy định đối với các giếng không tiếp tục khai thác nước dưới đất.

Phòng Tài nguyên và Môi trường cấp huyện có trách nhiệm lập sổ theo dõi, cập nhật số liệu đăng ký khai thác nước dưới đất trên địa bàn; hàng năm tổng hợp, tham mưu Ủy ban nhân dân cùng cấp báo cáo kết quả đăng ký tới Sở Tài nguyên và Môi trường.